如果在循环水系统中建立一个生物滤器，必须提供一个利于硝化细菌生长的条件。使用生物过滤器，必须按照合适的步骤来操作。
准备一种碳源和碱度。系统水中二氧化碳的溶解量可作为一种供细菌使用的碳源，但使用碳酸离子和碳酸氢盐离子作为碳源，更易于添加和控制。常规使用碳酸氢钠或小苏打来增加碱度。值得一提的是，小苏打不仅价格合理并且使用安全。
系统中的碱度先增加至100毫克/升。在这一水平的碱度，能有效使亚硝化单胞细菌生长。实践发现，要成功建立起硝化细菌种群，碱度需要更高的水平，在150毫克-200毫克/升。
当硝化细菌已经形成，碱度可以降低至适当的水平。一般来说，增加10毫克/升的碱度，即需要在每3785L的水体中添加53克的碳酸氢钠。调整pH值。维持硝化细菌最低生长限制的pH值约在6.8。
启动生物滤器，添加氢氧化铵或无味的家用氨水，这是一种亚硝酸铵的水溶液，用作清洁。
引入硝化细菌。引入细菌能加速生物滤器的适应过程。如果使用商业制细菌，之前的步骤以及加入细菌的比率和时间均要遵循制造商的建议。
应定期开展检测水质参数，如氨、氮、pH、水温和碱度。为求精确，应反复多次测氨氮浓度，并能从每天水质的变化中增加对养殖的信心。
收集生物滤器所排放的为水样，每天同一时候同一地点来采集，并按照一样的流程来检测。标准化程序和对细节的关注，保证使得操作结果得到准确信息。
图表能更直观了解到随时间的变化，氨氮浓度的变化，把生物滤器的概念可视化。如左图表示了与生物滤器启动相关的特征曲线。在不同的周期、系统和生物滤器中的数值有不同，但相关曲线和波动情况应大体类似。一开始，氨浓度增加至一高位点，随后下降。停滞期后，氮浓度开始增加随后下降。这趋势将一直持续至氮浓度趋于平稳。在这一点的氨氮水平如果能被养殖对象所接受，可以进行养殖。
在生物生化进程中，稍微提高温度能加快进程速率，因此能加速硝化细菌种群的发展。但温度升高不能超过预期养殖温度的3℃-5℃。
中国鳗鱼网报道
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